По данным Счетной палаты, по состоянию на май 2016 года установлены 26 регионов, в которых сумма предварительного дефицита региональных бюджетов на реализацию задачи расселения аварийного жилищного фонда в 2016 году оценивается в 12,1 млрд рублей, а по оценкам самих регионов - до 40 млрд рублей.

По мнению главы ведомства Татьяны Голиковой, финансовая проблема в некоторых случаях не является ключевой, хотя ситуация с исполнением полномочий регионов связана, в том числе, с проблемой  несбалансированности бюджетов и высокой долговой нагрузкой.
 
Как показали проверки, в регионах зачастую нет ни централизованного регионального заказа, ни подготовленных площадок под строительство, обеспеченных инженерной инфраструктурой. Отмечен дефицит подрядных мощностей строительного комплекса, способных осуществить строительство заданного объема и в установленные сроки.

Счетная палата предлагает пересмотреть подходы к завершению региональных программ переселения из аварийного и ветхого жилья с учетом выявленных организационных и управленческих недостатков.