Митрофаниевское кладбище в Петербурге с территорией и зданиями включено в единый государственный реестр объектов культурного наследия регионального значения. Памятниками признаны само кладбище (православное и лютеранское), церковный дом и здание церковно-приходской школы, дома причта, памятные места — храм Святого Митрофана Воронежского, церкви Всемилостивого Спаса, Сошествия Святого Духа и Семи отроков Эфесских (Кекинской), часовни святого Благоверного князя Александра Невского и странника А. М. Крайнева, часовни для отпеваний, церковного дома с часовней и службами Лютеранского кладбища, склепы, в том числе над могилой вице-адмирала В. М. Головнина и его семьи.

Охранный статус защищает территорию кладбища от какого-либо строительства. Напомним, ЗАО «ПТК» собиралось построить там автозаправочную станцию. Кроме того, кладбище находится на том месте, где планируется пробивка Измайловского проспекта. По словам первого заместителя Комитета по градостроительству и архитектуре (КГА) Юрия Митюрева, проект планировки территории «Измайловская перспектива» утвержден. От статуса кладбища зависит развитие центральной части перспективы.

Несмотря на запреты, на территории кладбища все же возможно новое строительство — Митрофаниевского собора. Проект подготовило архитектурное бюро «Литейная часть-91». Он предусматривает воссоздание. В Комитете по государственному контролю, использованию и охране памятников истории и культуры (КГИОП) утверждают, что воссоздание в пределах охранной зоны вполне возможно. Правда, для начала реализации проекта, как говорит руководитель «Литейной части-91» Рафаэль Даянов, нет распоряжения КГИОП.