На восстановление Кронштадтского Морского собора во имя Святителя Николая Чудотворца в 2009–2012 годах направлено 6,1 млрд рублей. Такие данные приводит Счетная палата РФ. Из этой суммы за счет средств федерального бюджета по линии Минкультуры России и Минобороны России на ремонтно-реставрационные, общестроительные и инженерные работы было направлено 4,8 млрд рублей; за счет благотворительных пожертвований (включая взносы военнослужащих Военно-Морского флота России и членов их семей) из средств Международного благотворительного фонда на воссоздание колоколов, иконостаса (верхнего и нижнего) и мраморных изделий алтаря, памятных досок, церковной утвари – 1,3 млрд рублей.

Счетная палата проверила использование средств при выполнении реставрационных работ и пришла к выводу, что в рамках государственно-частного партнерства «обеспечено эффективное взаимодействие государства и бизнеса». В ходе проверки отмечены лишь «отдельные незначительные недостатки».

Восстановление собора планируется завершить к его 100-летнему юбилею, в июне 2013 года. Работы были начаты в 2009 году по совместной инициативе государства и Русской православной церкви в связи с его аварийным состоянием и угрозой утраты. Реставрацию координирует общественно-попечительский совет собора, по инициативе которого в 2009 году был создан Международный благотворительный фонд «Кронштадтский Морской собор во имя Святителя Николая Чудотворца».

Памятник является историческим символом Военно-Морского флота России, построен по подобию храма Святой Софии в Константинополе на пожертвования моряков и государственные средства при непосредственном участии святого праведного Иоанна Кронштадтского.

В революционные годы храм был разорен, национализирован, утрачены уникальные живопись, мозаика, мемориальные доски, хранившие имена тысяч моряков, представляющие историческую ценность. В послевоенные годы объект был перестроен под киноконцертный зал, в результате чего был нанесен ощутимый ущерб внутреннему убранству, нарушены объемно-планировочные и архитектурные решения.