Арбитражный суд Петербурга и Ленинградской области решил взыскать с Комитета по управлению городским имуществом в пользу ООО «Агентство по реконструкции и развитию «Апраксин двор» 3,69 миллиона рублей неосновательного обогащения, а также 38,9 тысячи рублей госпошлины.

В 2007 году агентство и КУГИ заключили договор аренды 51-го корпуса Апраксина двора (СПб, Садовая ул., 28-30) для реализации инвестиционного проекта с целью реконструкции и приспособления под современное использование здания. Арендатор привлек инвестора — ЗАО «ФАРМАЮНИОН РиД», договор с ним был подписан одновременно с договором с КУГИ. По соглашению арендную плату городу вносил инвестор-субарендатор.  

18 декабря 2009 года КУГИ уведомил об изменении размера арендной платы. Первоначально возражений от пользователей зданием не было. Однако затем обе компании потребовали ее уменьшения задним числом. Свои требования они обосновали расчетом арендной платы, выполненный ГУП «ГУИОН» («Городское управление инвентаризации и оценки недвижимости»). Из расчета ГУП «ГУИОН» следует, что комитет неправильно применил методику определения арендной платы (утверждена постановлением Правительства Санкт-Петербурга 26.11.2009 № 1379 с учетом изменений, внесенных постановлением Правительства Санкт-Петербурга от 28.12.2009 № 1577). В результате образовалась переплата, которую предложили зачесть в счет будущих периодов. Добровольно сделать это чиновники отказались, последовало обращение в суд, арендатор и субарендатор стали соистцами.

Разбирая дело, арбитраж решил, что КУГИ, изменяя размер платы, неправильно применил повышающий коэффициент. Его можно было бы ввести только в случае изменения функционального использования (либо площади функционального использования) либо в случае, если бы договор аренды заключался после вступления в силу обновленной методики расчета арендной платы (01.01.2010). 

Таким образом, арбитраж признал переплату за период со второго квартала 2011-го по четвертый квартал 2013 года.