Организация особого режима охраны территории утверждена постановлением правительства РФ. К заповеднику отнесли группу островов в Финском заливе Балтийского моря и прилегающие к ним акватории — всего 9 изолированных участков. Общая площадь заповедника составила 14 тыс. га, в том числе острова — 900 га, морская акватория — 13,1 тыс. га.

Новый заповедник расположен в двух районах Ленинградской области — Выборгском и Кингисеппском. Процесс создания особоохраняемой природной территории (ООПТ) длился почти 27 лет. Первоначально она называлась «Ингерманландской». Заповедный режим позволит сохранить традиционные места стоянок пролетных птиц на Беломоро-Балтийском миграционном пути, места массового гнездования водоплавающих птиц, местообитания серого тюленя и кольчатой нерпы.

Это 105-й заповедник в России и третья ООПТ федерального значения в Ленинградской области. До этого в регионе было образовано два федеральных объекта – Нижне-Свирский заповедник, заказник Мшинское болото и ещё пять водно-болотных угодий международного значения. Теперь общая площадь ООПТ в регионе составляет около 7% от всей территории региона, почти 600 тыс. га.

В Ленобласти действует 46 ООПТ регионального значения, из них — 27 государственных природных заказников, 17 памятников природы, государственный природный заповедник и природный парк. К 2035 году планируется увеличить число ООПТ до 150.